대통령직 인수위원회의 농촌진흥청 폐지 발표와 관련, 한국농촌지도자중앙연합회(회장 윤요근)가 성명을 내고 농진청의 폐지는 정부가 농업과 농촌을 포기하는 처사라고 규탄했다.

연합회는 성명에서 농촌진흥청은 일제때 설립되어 한세기가 넘는 동안 농축산업의 선구자로 역할을 해왔고 어떤 조직보다 농업인과 함께 봉사와 희생을 해온 조직이라며 앞으로 농업, 농촌, 농업인들을 위한 조직으로 남아야 한다고 주장했다.

특히 연합회는 농촌진흥청 폐지는 국가 농정 방향과 연계하여 연구개발하고 보급하는 중앙정부의 기능이 상실되는 것이라며 FTA에 대비한 농업경쟁력 강화는 기대키 힘들다고 덧붙였다.

또한 연합회는 개방화에 따른 농업문제를 해결할 수 있는 조직은 농촌진흥청밖에 없다며 인수위가 농진청 폐지를 철회하지 않을 경우 좌시하지 않겠다고 경고했다.